位於高3.8米的高臺之上，前有鳳凰樓，四周為高牆，構成獨立的城堡式建築。
宮殿為五間十一檁硬山式建築，綠剪邊黃琉璃瓦。
東邊一間為帝後寢宮，西邊四間為神堂，是薩滿教祭祀之所。宮前有索倫桿，東為東配宮、關雎宮、永和宮，西為西配宮、麟趾宮、衍慶宮。
清寧宮的正門前，有一根近7米高的木桿在當院豎立著。這根木桿被安放在一個漢白玉石座之上，頂部套著一個錫鬥。
這就是索倫桿，它是滿族傳統的祭天“神桿”。按照滿族的傳統，在用此神桿祭天時，還要在上面的錫鬥裏放上碎米和切碎的豬內臟，用來喂食烏鴉以示祭天。這種習俗來源於一個傳說。相傳，清朝的奠基者努爾哈赤早年曾被追殺，努爾哈赤實在無路可逃了，就躺在一條草溝裏聽天由命。這時突然飛來一群烏鴉落在他的身上，將努爾哈赤嚴嚴實實地遮蓋住，因此努爾哈赤逃過了追兵。後來，努爾哈赤建立金國做了皇帝。他為了感報烏鴉當年的救命之恩，下令滿族百姓都要在自己的院子裏豎立木桿套錫鬥，以美味祭祀烏鴉，這便有了今人在皇宮內看到的索倫桿。
原稱「正宮」，1625年前後修建，是皇太極登基之前的王府所在地。
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